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如果苹果手机的短信被自动清理或删除了，可以尝试以下几种方法来恢复。
1、使用iCloud备份恢复：
如果开启了iCloud备份，可以通过恢复备份来找回丢失的短信，具体步骤如下：
a. 在iPhone上打开“设置”。
b. 点击“通用”，然后选择“还原”。
c. 选择“从iCloud备份恢复”。
d. 选择最近的备份时间，等待恢复过程完成。
2、使用iTunes备份恢复：
如果使用iTunes备份过手机，可以通过iTunes恢复备份来找回短信，具体步骤如下：
a. 打开iTunes并连接iPhone。
b. 选择设备后，点击“恢复备份”按钮。
c. 选择一个备份文件，等待恢复过程完成。
3、使用第三方数据恢复软件：
可以尝试使用第三方数据恢复软件来找回被删除的短信，使用“易我iOS恢复大师”等软件进行扫描和恢复，但请注意，使用第三方软件可能存在风险，因此在使用之前请确保软件的可靠性并进行必要的风险评估。
4、直接从运营商处恢复：
如果短信是与运营商的服务器同步的，可以尝试联系运营商寻求帮助，他们可能能够帮助恢复已删除的短信，但请注意，这取决于运营商的政策和服务。
恢复已删除的短信并不总是成功的，而且越早进行恢复操作，成功找回的可能性越大，为了避免数据丢失，建议定期备份手机数据。